Khoa Dược được thành lập từ những năm đầu của bệnh viện, với nhiệm vụ là đảm bảo cung ứng đầy đủ thuốc, hoá chất, kịp thời đáp ứng nhu cầu điều trị cho bệnh nhân nội, ngoại trú của bệnh viện, thực hiện công tác quản lý và thực thi các quy chế dược tại bệnh viện. Cùng với sự trưởng thành lớn mạnh của Bệnh viện Đa khoa huyện Chương Mỹ, Khoa Dược đã từng bước phát triển cả về số lượng, chất lượng đội ngũ cán bộ, nhân viên đến tầm hoạt động về chuyên môn. Hiện nay khoa có tổng số cán bộ viên chức là 12, trong đó có 02 Dược sĩ Đại học (01 Thạc sĩ), 01 Dược sĩ Cao đẳng, 07 Dược sĩ Trung học, 01 Kỹ thuật viên Dược và 01 Dược tá. Khoa Dược hoạt động dựa trên quy chế công tác Khoa Dược và được ghi trong “Quy chế bệnh viện”.
Hàng năm, Khoa lập kế hoạch cung cấp và bảo đảm số lượng, chất lượng thuốc thông thường và thuốc chuyên khoa, hóa chất, vật dụng y tế tiêu hao: bông, băng, cồn, gạc…cho điều trị nội trú và ngoại trú, đáp ứng yêu cầu điều trị hợp lý; Kiểm tra, theo dõi việc sử dụng thuốc an toàn, hợp lý trong toàn Bệnh viện; Tham gia quản lý kinh phí thuốc, thực hiện tiết kiệm đạt kết quả cao trong phục vụ người bệnh; Tham gia công tác nghiên cứu khoa học, thông tin về thuốc.
Khoa Dược đang từng bước đưa hoạt động thông tin thuốc, dược lâm sàng trở thành một trong các hoạt động thường quy của Khoa nhằm cung cấp những thông tin về thuốc một cách chính xác, hỗ trợ cho công tác điều trị của bác sĩ cũng như hướng dẫn sử dụng thuốc cho bệnh nhân. Công tác nghiên cứu khoa học đã được triển khai với sự phối kết hợp giữa Khoa Dược với các Khoa lâm sàng đóng góp vào các thành tựu chuyên môn chung của toàn bệnh viện.
Những năm qua, tập thể cán bộ viên chức Khoa Dược luôn đoàn kết và tích cực phấn đấu nên hàng năm đều được Bệnh viện xét tặng là tập thể Lao động Tiên tiến, được Sở Y tế thành phố Hà Nội khen thưởng.
Ban biên tập